EntreDiversidades nace en el año 2013 conjuntamente con la Maestría en Estudios sobre Diversidad Cultural y Espacios Sociales (MEDCES) del Instituto de Estudios Indígenas, sus principales fundadoras y promotoras de ambos proyectos fueron la Dra. Sonia Toledo Tello, la Dra. Anna María Garza Caligaris y la Dra. Gracia Imberton Deneke.

El primer número de la Revista EntreDiversidades, se publicó en diciembre del año 2013, con cinco artículos, EntreDiversidades se creó con el antecedente del Anuario de Estudios Indígenas que se publicó continuamente por dieciséis años, a partir de la creación del Instituto de Estudios Indígenas con sede en San Cristóbal de Las Casas, instituto que abrió sus puertas en el año de 1985. 

La Revista EntreDiversidades se diferenció del anuario por su enfoque más amplio y diverso, su objetivo fue contribuir al diálogo multidisciplinario de la diversidad cultural en los diferentes espacios sociales y dimensiones. Sus páginas recogieron colaboraciones de investigaciones que aportaron nuevos conocimientos no solo sobre Chiapas y la demarcación Centroamericana sino sobre cualquier región global o aislada relevante y a su vez propició el debate y análisis entre especialistas con perfiles en las Ciencias Sociales.

En el año 2022, tras el pico de la pandemia por el COVID-19 y cambios que empujaron en el mundo editorial por el apogeo del Acceso Abierto (Open Access), la demanda de artículos científicos y el conocimiento compartido, EntreDiversidades publicó un muy extenso Volumen, el 9, Número 18 conformado por 16 artículos arbitrados. Posteriormente EntreDiversidades entró en una etapa de receso y reflexión en el verano de 2022, para otoño del mismo año acometer un proceso de restructuración y renovación. 

A partir del año 2023 la Revista transitó a «Publicación de Artículos Continua», en lugar de «Publicaciones Semestrales», debido a que las publicaciones de EntreDiversidades son completamente digitales, no dependen de tiempos de imprentas, adicionalmente se busca aligerar los tiempos y los procesos de las publicaciones de los artículos y de los arbitrajes sin perder calidad editorial. En esta nueva etapa se pretende dar igual importancia a tópicos de Humanidades que a los de Ciencias Sociales, mientras que los de las Ciencias Sociales seguirán publicandose. El Comité Editorial de la Revista se renovó y pasó la estafeta a otros perfiles que pretenden igualar logros previos o incluso mejorarlos. 

Los Consejos Editoriales están en proceso de conformación y se han clasificado paralelamente y transversalmente, articulados en un Consejo Internacional de Ciencias Sociales que se pretende sea integrado por antropólogos, sociólogos, filólogos, etnólogos, arqueólogos, lingüistas, biólogos, zoólogos, entre otros. Un segundo Consejo Internacional de Humanidades se integrará por historiadores de arte, curadores, diseñadores, fotógrafos, cineastas, pintores y artistas visuales, muralistas, coleccionistas, galeristas, promotores culturales, críticos de arte, escritores y filósofos, se está conformando.

No solo esto, también se pretende que haya un Consejo de Difusión integrado por especialistas en la comunicación y un Consejo Emergente integrado por doctorandos e investigadores de maestrías especializadas los cuales serán perfiles multidisciplinares con visiones alternativas y disruptivas.